Фамилия Пужкин — редкий пример, где на слух она кажется почти пушкинской, а на деле имеет совсем иную природу. В отличие от фамилии Пушкин, образованной от прозвища Пушка (артиллерийское орудие или пушистый человек), Пужкин строится на основе слова «пуга» или «пужка».

Корень здесь — «пуж-», родственный глаголу «пужать» (пугать) и существительному «пугало». В старых русских говорах «пужка» означала не только пугало на огороде, но и нечто, внушающее страх, или же, наоборот, человека, который сам всего боится. Таким образом, прозвище Пужка мог получить либо пугливый, робкий человек, либо тот, кто любил подшучивать, внезапно пугая окружающих. Вторая версия — от диалектного «пуга» (кнутовище, плеть) — менее вероятна, так как тогда фамилия звучала бы как Пужкин (с ударением на корень), но и её полностью исключать нельзя: прозвище Пуга могло принадлежать пастуху или человеку, носившему с собой кнут.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Пужкин означает «сын Пужки». Эта модель (от прозвищ на -а/-я) типична для северных и центральных русских земель, где фамилии часто закреплялись в форме притяжательного прилагательного. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давали крестьянам после отмены крепостного права, «Пужкин» мог сформироваться раньше, в среде служилых людей или свободных крестьян.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в средней полосе России, изредка — на Урале. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном характере. Сравните с однокоренными Пугачёв (от пугач — филин или пугало) и Пужин — все они восходят к одному смысловому гнезду страха и устрашения, но Пужкин стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательного суффикса «-к-», который смягчает первоначальное значение прозвища.