Фамилия Пужонкова — женская форма фамилии Пужонков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу указывает на географию. Суффикс -ов- типичен для центральной России и Поволжья, но в данном случае он присоединён к основе, звучащей нетипично для русского уха. Это сразу наводит на мысль о заимствовании или местном диалектном слове.

Корень «пужонк-» — самый спорный элемент. Самая правдоподобная версия связывает его с глаголом «пужать» (пугать). В северных и центральных говорах «пужливый» означало пугливый, а «пужанка» — пугало или что-то, что вызывает страх. Прозвище Пужонок могли дать человеку боязливому, нервному, либо, наоборот, тому, кто любил пугать других — шутника или сторожа, который покрикивал на детей. Суффикс -онок в русских фамилиях (как в Волчонок, Медвежонок) часто указывает на молодое существо или уменьшительно-ласкательную форму, так что Пужонок — это «маленький пугливый» или «сын Пужни» (если Пужня было самостоятельным прозвищем).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «пужня» (метель, вьюга) в архангельских говорах. Тогда Пужонок — человек, родившийся в непогоду, или тот, кто «метёт» в работе (суетливый). Однако эта гипотеза слабее: слово «пужня» редкое, а прозвища от погодных явлений обычно образуются напрямую (Метель, Вьюга), без уменьшительного суффинкса.

Фамилия Пужонков встречается в основном в Центральной России, особенно в Тверской и Ярославской областях, что подтверждает её диалектное происхождение. В списках однодворцев и крестьян XVII–XVIII веков такие прозвища не фиксировались — скорее всего, фамилия оформилась поздно, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Дворянских родов с такой фамилией нет.

Интересная деталь: однокоренные фамилии Пужов, Пужалов, Пужаев встречаются чаще, чем Пужонков, и все они восходят к тому же «пужать». Но суффикс -онок выделяет Пужонковых как носителей более «детского» или уменьшительного прозвища, что может говорить о более молодом возрасте первого носителя или его малом росте. Таким образом, предок носительницы этой фамилии был, скорее всего, крестьянином или ремесленником из Верхневолжья, получившим прозвище за свой пугливый нрав или за привычку всех пугать.