Фамилия Пужулис — редкая и почти наверняка не русская по происхождению. Её структура сразу выдает иноязычную модель: суффикс -улис не характерен для восточнославянских фамилий, зато типичен для литовской и латышской ономастики. В Литве и Латвии фамилии на -улис, -ulis, -ūlis образуются от прозвищ или личных имён, часто с уменьшительным или пренебрежительным оттенком.

Корень «Пуж-» вызывает два основных предположения. Первое: он восходит к литовскому pužas — «пух», «пушок», «нечто мягкое и рыхлое». В таком случае прозвище Пужулис могли дать человеку с пушистыми волосами, мягким характером или даже полному, «рыхлому» телосложению. Второе, менее вероятное, — связь с латышским pūža — «куча», «груда», что тоже указывает на внешность или манеру поведения.

Географически фамилия Пужулис почти наверняка привязана к Литве или восточной Латвии (Латгалии), где исторически сильны балтские фамильные традиции. В России она могла появиться в результате миграций или русификации литовских фамилий в XIX–XX веках. С точки зрения социального происхождения, это фамилия крестьянская или мещанская: в балтийских губерниях фамилии на -улис чаще всего получали простые люди, а не дворяне.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пужас, Пужис, Пужулис — показывает, что все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами, что типично для балтских языков. Если носитель фамилии Пужулис встречается в России, скорее всего, его предки происходят из западных губерний или Прибалтики. Точной даты появления фамилии назвать нельзя, но массово литовские фамилии закреплялись в XVI–XVIII веках.