Фамилия Пятидесятников — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и даже не прозвище, а число, причём в отвлечённом, почти церковном значении. Разберёмся сразу: это не фамилия от слова «пятьдесят» в смысле количества рублей или вёдер. Корень здесь — «пятидесятник», и у этого слова два основных значения, которые и дают две версии происхождения.

Первая, самая вероятная и исторически обоснованная — церковная. «Пятидесятником» в народе называли человека, родившегося или крещёного в праздник Пятидесятницы (Троицы), либо того, кто был как-то связан с этим днём — например, прислуживал в храме на Троицу. В русской ономастике фамилии от названий церковных праздников — явление известное, хотя и не массовое: Рождественский, Благовещенский, Успенский. Но Пятидесятников — не типичная семинарская фамилия на -ский, а «уличная», крестьянская или посадская, на -ов. Это значит, что предка прозвали Пятидесятником не в духовном училище, а в быту. Такое прозвище могли дать, например, ребёнку, появившемуся на свет в Троицын день, — и оно закрепилось за родом.

Вторая версия — ремесленная, но она гораздо слабее. В некоторых говорах «пятидесятником» могли назвать сборщика подати в размере пятидесятой доли или человека, ведающего каким-то десятком людей (по аналогии с военным или административным делением). Однако эта версия натянута: для обозначения должности в Древней Руси чаще использовали слово «пятидесятский» (выборный от пятидесяти дворов). Фамилии от таких терминов обычно оканчиваются на -ский или -цкий (Пятидесятский), а не на -ов. Поэтому версия с праздником выглядит убедительнее.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — Пятидесятников, то есть сын или потомок Пятидесятника. Фамилия недворянская, не княжеская, а скорее крестьянская или мещанская, и географически она тяготеет к центральным и северным губерниям России — там, где церковные прозвища бытовали особенно долго. Встречается она редко: в современных телефонных справочниках и базах данных носителей Пятидесятниковых можно пересчитать по пальцам, что делает её ценной для генеалогии — почти каждый случай уникален и восходит к конкретному роду.

Если коротко: Пятидесятников — это «троицкий» по сути. Фамилия говорит о том, что основатель рода, скорее всего, родился или был крещён на Пятидесятницу, и это событие стало его пожизненным прозвищем. Никакой связи с пятидесятниками как протестантским течением XX века здесь нет — это омонимия, возникшая на два столетия позже, чем фамилия.