Фамилия Пыпаф — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает звучание и происхождение. На слух она воспринимается как Пы́паф, но по законам русской орфографии конечная «ф» подсказывает, что исходная форма, скорее всего, заканчивалась на звонкое «в». Перед нами типичный пример оглушения согласного на конце слова, которое закрепилось на письме. Вероятнее всего, первоначальный вариант фамилии — Пыпав или Пыпов.

Если исходить из модели Пыпов, то перед нами патронимическая фамилия, образованная с помощью суффикса -ов. Основа же — прозвище или неканоническое имя Пып. Что оно могло означать? Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «пыпа» — в некоторых говорах так называли пух, пушок, мягкую шерсть или даже маленький, круглый предмет. Прозвище Пып могли дать человеку с очень мягкими, пушистыми волосами, либо, в переносном смысле, — невысокому, круглому, «пухлому» человеку. Вторая, менее очевидная версия, — связь с глаголом «пыпать» (пыпать, пыпнуть), означавшим в ряде регионов «колоть», «тыкать», «бить». Тогда Пып — прозвище задиристого или обидчивого человека.

Фамилия Пыпаф (Пыпав) крайне редка. Её география не прослеживается по массовым переписям, что указывает на локальное бытование, возможно, в северных или центральных губерниях России, где диалектные слова с корнем «пып-» были употребительны. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды — в дворянских родословных книгах такая фамилия не фиксируется. Примечательно, что в русской ономастике встречаются однокоренные фамилии Пыпин и Пыпкин, что подтверждает существование прозвищного имени Пыпа в народной среде.