Фамилия Пысептухен — один из тех редких случаев, когда исходное прозвище почти не замаскировано патронимическим суффиксом. В ней нет привычных -ов, -ин или -ский. Перед нами, скорее всего, застывшая форма родительного или дательного падежа от прозвища, а может и просто «окаменевшее» именование, записанное на слух.

Корень здесь — «пысептух». Звучит он как искажённое «пёс-петух» или «пёс и петух». В русских говорах и в фольклоре эти два животных часто выступают как неразлучная, но конфликтная пара (вспомним сказки, где собака и петух вместе путешествуют). Прозвище Пысептух могли дать человеку за вздорный, крикливый нрав, который при этом не переходит в открытую драку (петушиный задор, но собачья осторожность). Либо за внешность: человек с рыжими, торчащими волосами (петушиный гребень) и приземистой, коренастой фигурой.

Фамилия явно невеликорусского происхождения. Формант -ен характерен для немецких, прибалтийских и польских фамилий (сравните: Варен, Бондарен, Шевчен — последнее через украинское посредство). Скорее всего, носитель фамилии — потомок немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. На слух непривычное русское прозвище «Пысептух» было записано по-немецки (или по-польски) с окончанием -en, которое потом закрепилось в документах. Второй вариант: фамилия могла возникнуть на стыке культур, например, у обрусевших немцев, которые взяли русское прозвище, но оформили его на свой лад.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам массового расселения немецких колонистов. Встретить Пысептухена сегодня можно в Саратовской, Волгоградской областях, а также в Краснодарском крае. Фамилия остаётся крайне редкой, что делает её надёжным маркером для генеалогического поиска: предки почти наверняка были из числа колонистов-земледельцев или ремесленников, а само прозвище — живая иллюстрация народной наблюдательности.