Фамилия Пюненина — редкий случай, когда географический разбор оказывается важнее этимологического. Основной ареал фамилии — Русский Север, прежде всего Архангельская область и Карелия. Это сразу отсекает множество шаблонных версий и указывает на связь с местными говорами.

В основе фамилии лежит прозвище Пюня (или Пюня). В северных и сибирских диалектах слово «пюня» означало «неповоротливый, вялый человек», «увалень». Есть и более конкретное значение: так называли медвежонка, а в переносном смысле — неуклюжего, косолапого парня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пюненин — сын Пюни, то есть «чей?» — Пюнин. Женская форма Пюненина образовалась стандартным путём от мужской.

Версия с финно-угорским следом тоже правдоподобна, но менее вероятна. В карельском языке есть слово puna — «красный» (откуда и фамилия Пунин), но переход «у» в «ю» в безударном положении нехарактерен. Скорее всего, перед нами чисто русская диалектная основа, которая в центральных областях России не встречается — там «пюня» не было в ходу.

Интересна словообразовательная модель. Фамилия образована не от полного имени (вроде Пётр → Петров), а от короткого прозвища, которое в быту заменяло имя. Это характерно для крестьянской среды Русского Севера, где фамилии закрепились поздно и часто фиксировали не родовое имя, а личную характеристику первого носителя.

Сословный состав фамилии типичен для региона: Пюненины — почти поголовно государственные крестьяне и мещане из Олонецкой и Архангельской губерний. Дворянских ветвей не зафиксировано.

Известных носителей с общероссийской известностью нет — фамилия осталась локальной. Её ценность для владельца в другом: она хранит живую диалектную лексику, которая почти исчезла из речи, и указывает на конкретную территорию, где предков могли прозвать Пюней за медлительность или неуклюжесть.