Фамилия Пюпюкин — случай нечастый и для русского уха звучит почти как шутка, но за ней стоит реальная и вполне прозрачная история. Чтобы понять её происхождение, достаточно разобрать словообразовательную цепочку. Основа здесь — прозвище Пюпюка, к которому добавили типичный русский фамильный суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Пюпюкин буквально означает «сын Пюпюки» или «человек из рода Пюпюки».

Что же значило само прозвище Пюпюка? Скорее всего, это звукоподражательное или детское слово. В русских говорах «пюпю» или «пюпка» могло означать нечто маленькое, пухлое, комичное — вспомните диалектные «пупка» (кнопка, бутон) или «пюпик» (толстячок, карапуз). Прозвище могли дать человеку невысокого роста, круглолицему, либо тому, кто говорил тонким голосом или имел какую-то милую, кукольную внешность. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: Пюпюка — это искажённое от «Пупкин» (от «пуп»), но с удвоением слога для уменьшительно-ласкательного оттенка.

Географически фамилия Пюпюкин почти не встречается за пределами России и, судя по скудным данным переписей, привязана к северным и центральным областям — например, единичные случаи фиксировались в Архангельской и Вологодской губерниях. Там звукоподражательные прозвища были особенно живучи. Сословно носители этой фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам, так как фамилии на -ин с прозвищной основой редко давали дворянам.

Важно не путать Пюпюкина с похожей фамилией Пюккин (от финского «pyy» — рябчик) или Пюпкиным. Уникальность Пюпюкина именно в редупликации — повторении слога «пю», что усиливает уменьшительный и даже слегка ироничный смысл. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла записываться через «ё» — Пёпёкин, но к началу XX века закрепилось написание через «ю».