Фамилия Рачишкин — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Модель образования проста: основа «Рачишк-» плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ин». Суффикс «-ишк-» в основе — уменьшительно-уничижительный или просто уменьшительный, как в словах «домишко», «парнишка». Значит, фамилию дали по прозвищу, которое звучало как Рачишка — скорее всего, так в быту называли человека маленького роста, щуплого или молодого, возможно, с иронией, но без злобы.

Корень «рач-» почти наверняка восходит к названию речного рака. Прозвище Рак или Рачок давали людям с характерной походкой, цепкими руками или сварливым нравом — аналогия с раком, который пятится и щиплется, была в ходу у русских. От «Рака» через суффикс «-ишк-» образовали Рачишка — «маленький Рак» или «сын Рака». Вторая версия, менее вероятная, — связь с глаголом «рачить» (стараться, радеть), но тогда форма была бы Рачишкин, а не Рачишкин, и суффикс «-ишк-» здесь необъясним.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, основная масса Рачишкиных сосредоточена в Центральной России, особенно в Тверской и Смоленской областях, а также на юге Псковщины. Это зона бытования старых смоленских и тверских говоров, где суффикс «-ишк-» в прозвищах встречался чаще, чем в северных или южных диалектах. Социально предки Рачишкиных — скорее всего, крестьяне или однодворцы, потому что фамилия образована от бытового прозвища, а не от канонического имени, и не имеет дворянских суффиксов вроде «-ский».

Фамилия не попала в дореволюционные справочники титулованных родов, и в списках известных деятелей культуры или науки она не встречается. Это не делает её «простой» — наоборот, такие фамилии лучше всего сохраняют память о том, как в деревне звали человека по внешности или повадке: «А, это сын того самого Рачишки, что раков в реке ловил да пятился задом».