Фамилия Рачкулинец — редкий и территориально привязанный пример, который сразу выдает западнорусское или белорусское происхождение. Её выдает суффикс -ец, характерный для фамилий, образованных от названий населенных пунктов. В польской, украинской и белорусской традиции суффикс -ец (или -инец) указывал на выходца из определённого места: житель села Рачкулино или Рачкули.

Основа фамилии — Рачкул-. Скорее всего, это производное от личного имени Рачко (уменьшительное от Ратьслав, Радослав или от Рач — краткой формы имени Ратибор). В белорусском и украинском языках есть слово «рачок» (рак, маленький рак), но в основе фамилии чаще лежит антропоним, а не прозвище по животному: суффикс -ул- (Рачкул) — редкий, но встречающийся в западнославянской и балтской ономастике (ср. белорусские фамилии Рачковский, Рачко). Вероятно, Рачкул — это либо форма имени Рачко с экспрессивным суффиксом, либо патроним (сын Рачка).

Таким образом, Рачкулинец — «выходец из поселения Рачкулино (или Рачкули)», где жили потомки человека по имени Рачко. Географически такие топонимы встречаются в Брестской и Гродненской областях Беларуси, а также на востоке Польши (Подляшье). В России фамилия практически не встречается — это маркер западного пограничья.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» (Рочкулинец) или с двойным «н» (Рачкулиннец), но современное написание закрепилось как Рачкулинец. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку фамилии на -ец в этой местности часто давали не дворянам, а простым людям по месту жительства.