Фамилия Рафян — яркий пример армянской модели фамилии, которая почти всегда отвечает на вопрос «чей?» или «из какого рода?». Суффикс -ян (в диалектах также -янц) означает принадлежность, происхождение: Рафян — «из дома Рафа», потомок человека по имени или прозвищу Раф. В дореволюционных документах встречается написание Рафьянц, где -ц указывает на родительный падеж множественного числа, что ещё прозрачнее передаёт родовую принадлежность.

Основа Раф- восходит к сокращённой форме библейского имени Рафаил (в русской традиции — Рафаил, в армянской — Ռափայել). В армянском языке имя Рафаил означает «Бог исцелил», и в быту его часто укорачивали до Рафо, Рафик или просто Раф. Именно от такого обиходного варианта и пошла фамилия. В пользу этой версии говорит и то, что армянские фамилии на -ян редко образуются от прозвищ или профессий — чаще от личных имён.

В армянской ономастике есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с тюркским словом «раф» (ровный, прямой) или с арабским «рафи» (возвышенный, знатный). Но это скорее случайное созвучие: армянские фамилии с корнем Раф- практически всегда именные, а не описательные. К тому же суффикс -ян типичен именно для армянского языка, а не для тюркских или арабских систем.

Географически фамилия Рафян встречается повсеместно в армянской диаспоре, но особенно плотно — в регионах исторической Армении: в Сюнике, Арцахе (Нагорном Карабахе), а также среди армян, переселившихся в XIX веке в Ростовскую область и Ставрополье. В советское время носители фамилии активно расселялись по крупным городам.

Сословно армянские фамилии на -ян не были закреплены за какой-то одной группой: их носили и крестьяне, и священники, и купцы. Поэтому предки Рафян могли быть кем угодно — от ремесленника до священнослужителя. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет, что типично для массовой армянской фамилии, возникшей в народной среде.