Фамилия Раготнер — редкий пример, где основа не укладывается в привычные славянские корни, а суффикс указывает на иной языковой слой. Ключ к разгадке — в окончании «-ер», которое в русских фамилиях почти не встречается, зато характерно для фамилий еврейского (ашкеназского) происхождения, особенно тех, что образованы от названий профессий на идише или немецком. «-нер» — это суффикс деятеля, аналог русского «-щик» или «-арь».

Первая часть, «Рагот-», скорее всего, восходит к идишскому слову «рагойн» или «рагн» — гнев, ярость, или к глаголу «регтн» — сердить, раздражать. Таким образом, «Раготнер» — это «сердитый человек», «ворчун» или «тот, кто вызывает гнев». В среде восточноевропейских евреев прозвища по характеру были обычным делом, и они легко превращались в фамилии после указов об обязательной фиксации фамилий в Российской империи и Австро-Венгрии в конце XVIII — XIX веках.

Возможна и более прозаичная версия: фамилия могла быть топонимической, то есть указывать на выходца из места под названием Раготн или Раготен. Таких топонимов на территории бывшей черты оседлости (Польша, Беларусь, Украина) не зафиксировано, но мелкие хутора и местечки часто исчезали или меняли названия. Однако версия с прозвищем выглядит убедительнее: она объясняет и редкий корень, и эмоциональную окраску.

В русском языке фамилия Раготнер не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине (Иван Раготнер), и не склоняется у женщин (Анна Раготнер). Встречается она крайне редко, в основном в записях конца XIX — начала XX века на юго-западе Российской империи, что подтверждает её ашкеназское происхождение. Носители фамилии, вероятно, были ремесленниками или мелкими торговцами — типичными для той среды, где прозвище «ворчун» давали без злого умысла, а просто как меткую бытовую характеристику.