Фамилия Рахтылькун — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью выдает происхождение её носителей. Это не русская, а скорее всего, искусственно созданная или адаптированная фамилия, характерная для народов Крайнего Севера, в частности, для коми-ижемцев или ненцев. В русской ономастике фамилии с таким набором звуков и окончанием на «-кун» почти не встречаются, что сразу указывает на финно-угорский или самодийский субстрат.

Основа «Рахтыль» может быть искажённой записью местного слова или личного имени. В языках коми и ненецком существует корень «рахт» (или «ракт»), связанный с понятием «быстрый», «резкий», «проворный». Суффикс «-кун» в некоторых северных диалектах — уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность к роду (ср. фамилии типа «Вокуев», «Хатанзейский»). Таким образом, Рахтылькун могло означать «маленький быстрый» или «сын Рахтыля» (где Рахтыль — прозвище человека с быстрым нравом или ловкого охотника).

Версия о том, что фамилия происходит от географического названия, менее вероятна, но не исключена. В бассейне Печоры есть несколько мелких речек и ручьёв с созвучными названиями (например, Рахтыль-шор). Если предки переселились оттуда, их могли записать по месту жительства, но в таком случае фамилия обычно имела бы другой суффикс — «-ский» или «-ев».

Социальный контекст прост: носители этой фамилии почти наверняка из крестьянского или промыслового сословия — оленеводы, рыбаки, охотники. Запись фамилии в церковных или советских метриках могла сильно исказить оригинальное звучание, так как русские писцы не всегда точно передавали гортанные и носовые звуки северных языков. Поэтому сегодняшняя форма «Рахтылькун» — это, скорее всего, компромисс между устной традицией и письменной фиксацией.