Фамилия Рауфейзен — редкий случай для русской ономастики: она не славянская по происхождению, а немецкая или еврейская (ашкеназская). Её основа — два корня: «Рауф» (Rauf) и «Айзен» (Eisen). Первый, скорее всего, восходит к немецкому личному имени Rauf (вариант Rudolf — «славный волк») или к арабскому Рауф (в переводе «добрый, милосердный» — такое имя встречается у мусульманских народов, но в составе немецкой фамилии это маловероятно). Второй корень — Eisen — по-немецки «железо». Вместе фамилию можно перевести как «Рауфово железо» или «железный Рауф». Скорее всего, это сложение двух элементов, типичное для немецких фамилий-композитов (ср. Вайнштейн, Гольдберг), где первая часть — имя или прозвище, вторая — указание на признак или материал.

Модель образования указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде немецкоязычных евреев или немцев-колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Суффикса -ов/-ев или -ин здесь нет, что подтверждает неславянскую природу. Встречаемость фамилии в России крайне низкая; по данным открытых источников, она фиксируется в единичных случаях, например, в Санкт-Петербурге или в Поволжье, где исторически существовали немецкие колонии. В отличие от фамилий вроде Рауф (арабского происхождения) или Айзен (немецкого), Рауфейзен — явный композит, что делает её уникальной.

Если предки носили эту фамилию, они могли быть ремесленниками, работавшими с металлом (кузнецами, слесарями) — на это указывает «железо». Либо это прозвище человека по имени Рауф, которого отличала твёрдость характера (железный Рауф). Спорных версий здесь немного: слияние двух фамилий при браке (Рауф + Айзен) маловероятно из-за отсутствия дефиса в написании, а также из-за того, что такие конструкции редко закреплялись как единая фамилия в русской традиции. Таким образом, Рауфейзен — это, скорее всего, искусственное или прозвищное образование, уходящее корнями в немецкую языковую среду, и его носители — потомки переселенцев, сохранивших оригинальную форму фамилии без русификации.