Фамилия Райене — не русская по происхождению, и это первое, что стоит сказать. В русской ономастике она не встречается ни как исконная, ни как давно обрусевшая. Её грамматическое оформление — окончание -е, характерное для многих европейских языков, — указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия латышского, литовского или, реже, французского происхождения.

Если отталкиваться от балтийского корня, то в латышском языке слово «raijens» или «raijene» может быть связано с диалектным глаголом, означающим «бороздить», «резать» или «проводить линию». В таком случае прозвище Райенс (мужская форма) могли дать человеку, занимавшемуся резьбой по дереву, или тому, кто прокладывал межи, границы полей. Женская форма Райене, соответственно, могла закрепиться за женой или вдовой такого мастера, а в Латвии и Литве фамилии с окончанием -е нередко передавались по женской линии без изменения.

Вторая версия — французская. Во Франции фамилия Rayenne (читается как «Райен») встречается редко и может восходить к старофранцузскому слову «raie» — «полоса» или «борозда», а также к личному имени Раймон (Raymond) в его сокращённой, диалектной форме. В таком случае носитель фамилии мог быть потомком человека по имени Раймон, или же его предок жил у полосатого поля, у межи.

В России фамилия Райене — единичная, принесённая, скорее всего, переселенцами из Прибалтики в XIX–XX веках. Встретить её можно в метрических книгах лютеранских приходов Санкт-Петербургской губернии или в списках латышских колонистов. В современной РФ фамилия крайне редка, поэтому её носитель почти наверняка имеет прямые корни в Латвии или Литве.