Фамилия Регониус — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её окончание -ус сразу указывает на латинское или, точнее, на искусственное книжное происхождение. В России такие фамилии чаще всего встречались в среде духовенства, особенно в XVIII–XIX веках. Семинаристы при поступлении в училище нередко получали новую фамилию вместо простонародной, и её часто составляли по латинским или греческим образцам.

Основа фамилии — вероятнее всего, латинское слово rego (править, управлять) или его производные, вроде rector (правитель, наставник). Прибавив суффикс -ius, получили фамилию, которая буквально означает «принадлежащий к правящему» или «царственный». Не исключено, что исходным было прозвище Регониус, данное ученику за властный характер или успехи в науках, либо фамилия была искусственно образована от названия должности — например, от латинского regens (регент, управляющий). В любом случае, перед нами типичная «семинарская» фамилия, каких множество: например, Сперанский (от лат. spero — надеюсь), Бенедиктов (от benedictus — благословенный) или Аполлосов.

Интересно, что в польской и литовской традиции фамилии на -ус также встречаются, но там они чаще имеют другую природу: например, от личных имён или прозвищ. Однако для Регониус польское происхождение маловероятно: в Польше была бы форма Регонь или Регонский. Фамилия почти наверняка русская, искусственная, и её носители — потомки людей, получивших образование в духовных училищах. Встречается она крайне редко, в основном в центральных губерниях России.