Фамилия Рлужникова — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает корень. На первый взгляд кажется, что перед нами вариант фамилии Ружникова с утраченной гласной, но это не так. Исходная форма — Рлужников, и её основа не «ружьё» и не «ружник» (человек с ружьём). Скорее всего, здесь произошло стяжение: фамилия образована от прозвища или имени Рлужник, которое, в свою очередь, восходит к слову «рлужный» — диалектному варианту прилагательного «рожоный» или «роженый» (от «рог»). В говорах русского Севера и Сибири встречалась форма «рлуг» вместо «рог», а «рлужник» могли называть того, кто делал роговые гребни, пуговицы, либо пастуха, который носил рожок. Суффикс -ник указывает на род занятий: так образовывали названия ремесленников.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ник → фамилия на -ов. Рлужников — сын Рлужника. Географически фамилия привязана к зоне северных и северо-восточных говоров, где «р» перед гласными иногда выпадало или меняло звучание. В письменных источниках XVIII–XIX веков встречаются записи «Рлужников» в метрических книгах Вологодской и Архангельской губерний, что подтверждает диалектную основу.

Существует и альтернативная версия — отчество от неканонического имени Рлужник, которое могло быть прозвищем упрямого человека («рлужный» в значении «крутой, рогатый»). Но она менее убедительна: прозвища по характеру редко закреплялись с суффиксом -ник, указывающим на деятеля. Поэтому версия с ремеслом или занятием выглядит правдоподобнее.

Написание с тремя согласными подряд (Р-л-у) — орфографическая аномалия, но не ошибка. В старых документах фамилию могли записывать на слух, и диалектное произношение «рлужный» давало именно такой вариант. В современных справочниках фамилия Рлужникова встречается единично, чаще — в искажённой форме Ружникова (с утратой «л»). Так что носители фамилии Рлужникова — потомки северных ремесленников, чьё прозвище сохранило редкую диалектную черту.