Фамилия Рпакуног — редчайший случай в русской ономастике. На первый взгляд она выглядит как искусственное или искажённое образование, но при детальном разборе можно предположить её происхождение от сложного прозвища.

Скорее всего, основа фамилии — результат сращения двух слов: «рпак» и «уног». Первая часть, «рпак», не имеет прямых аналогов в русском языке, но могла быть диалектным или искажённым вариантом слова «ряпак» (от «ряпа» — репа, или от «рябой» — пёстрый, конопатый). Вторая часть — «уног» — почти наверняка восходит к слову «ног» (нога). Таким образом, прозвище Рпакуног могло означать «рябой на ногу» (например, человек с заметной родинкой или шрамом на ноге) или «кривоногий», если «рпак» — это вариант «кривой» (ср. диалектное «рпать» — гнуть, коробить).

Модель образования фамилии типична для русских фамилий на -ов: от прозвища Рпакун (сокращение от Рпакуног) + суффикс -ов, то есть «сын Рпакуна». Суффикс -ов указывает на русское происхождение и принадлежность к крестьянскому или мещанскому сословию, где фамилии часто давались по прозвищу отца.

Географически фамилия могла возникнуть в регионах, где бытовали говоры с подобными стяжениями слов, например, в северных или сибирских областях, где диалекты сохраняли архаичные формы. Встречаемость фамилии Рпакуног в современных базах данных крайне низкая, что подтверждает её уникальность и, возможно, угасшую ветвь рода.

Других версий, например, от иностранных корней, практически нет — сочетание «рпак» нехарактерно для тюркских, финно-угорских или балтийских языков. Фамилия остаётся загадкой, но её разбор через прозвище по внешнему признаку — наиболее логичный путь.