Фамилия Рпаыр — редкий случай в русской ономастике, когда написание почти полностью расходится с привычными моделями. В ней нет ни одного типичного русского суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский, -их), а основа состоит из согласных, которые трудно произнести. Это почти наверняка указывает на искажение при записи или на иноязычное происхождение, которое при адаптации к кириллице дало такой необычный вид.

Скорее всего, исходная форма была другой. Самое правдоподобное объяснение — описка или ошибка переписчика, превратившая более осмысленную фамилию в «Рпаыр». Например, могло произойти слияние двух слов или перестановка букв. Если предположить, что основа — «Рыбарь» (устаревшее название рыбака, от «рыба»), то при небрежном написании или в скорописи буква «ы» могла превратиться в «п», а «б» — в «р». Получается: Рыбарь → Рпаыр. В пользу этой версии говорит то, что фамилии от названий профессий (Рыбаков, Рыбкин, Рыбаковский) очень распространены, а вот форма «Рыбарь» встречается, но редко — и её искажение дало уникальный результат.

Другая версия — это русификация тюркской или кавказской фамилии. В языках этих групп есть корни «рап» (арабское «ра’й» — мнение, совет) или «ыр» (песня, напев). При записи на слух русским чиновником или писцом сочетание звуков могло закрепиться как «Рпаыр». Однако в таком случае фамилия обычно получала русский суффикс (например, Рапаев или Ырбаев), а здесь его нет, что делает эту версию менее вероятной.

Морфология фамилии не поддаётся стандартному разбору: окончание нулевое, суффикса нет. Это говорит о том, что фамилия застыла в форме, которую ей придали при первой фиксации в документах. Если это действительно искажённый «Рыбарь», то предки носителя могли заниматься рыбной ловлей или жить у водоёма. Если же это случайная запись, то единственным связующим звеном остаётся сам документ — метрическая книга или ревизская сказка, где писарь ошибся, а фамилия прижилась.

Сравнение с другими фамилиями показывает, что подобные «нечитаемые» варианты встречаются в основном в отдалённых сёлах, где грамотность была низкой, или среди старообрядцев, которые фиксировали прозвища на слух. Фамилия Рпаыр — не результат традиционного словообразования, а скорее лингвистический курьёз, памятник канцелярской ошибке или диалектному произношению.