Фамилия Рпегонава — редчайший случай, который ломает привычные схемы русского словообразования. С первого взгляда в ней угадывается грузинский или абхазский суффикс -ава, характерный для западногрузинских фамилий (например, Гамсахурдиа, Шеварднадзе). Однако основа «Рпегон» не имеет очевидных параллелей ни в грузинском, ни в славянском языках. Скорее всего, перед нами искажение или адаптация исходной фамилии при переезде носителя в русскоязычную среду: буква «р» могла появиться из-за ошибочной записи, а корень потерял первоначальный облик.

Если отбросить версию опечатки, можно предположить, что основа восходит к диалектному прозвищу. В русских говорах встречается слово «пегон» — так в некоторых областях называли пегую, пятнистую лошадь или корову (от «пегий»). Тогда «Рпегон» могло быть переосмыслением прозвища «Пегон» с приставкой или начальным звуком, который позже прирос к корню. Суффикс -ава в таком случае — редкий для русских фамилий, но встречающийся у народов Кавказа; возможно, предок был выходцем из среды, где такая модель фамилий была нормой.

Словообразовательная модель нестандартна: в русском языке фамилии на -ава почти не образуются, за исключением единичных случаев заимствования. Если бы фамилия была русской, она скорее выглядела бы как Пегонов или Пегонин. Поэтому наиболее вероятно, что Рпегонава — это либо сильно искажённая запись грузинской фамилии (например, от грузинского «рпе» — не зафиксированного в словарях, но возможного как корень), либо результат канцелярской ошибки, когда в документ вписали лишнюю букву.

Географически фамилия может указывать на регионы, где смешивались русские и кавказские традиции именования — например, Ставрополье, Кубань или Закавказье. В любом случае, точное происхождение установить без архивных записей сложно: слишком мало данных. Единственное, что можно сказать с уверенностью — эта фамилия уникальна и почти наверняка имеет искусственное или случайное происхождение, а не уходит корнями в древнее ремесло или имя.