Фамилия Рубэка — редкая и нестандартная для русского уха. Её форма не укладывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, что сразу выдаёт нерусское или искусственное происхождение. Скорее всего, перед нами пример фамилии, возникшей в среде, где русский язык был не единственным, — например, на западе или юге бывшей Российской империи, в Прибалтике, Бессарабии или в среде немецких колонистов.

Разберём возможную основу. Если отбросить конечное -а (типичное для румынской, молдавской или литовской адаптации), остаётся корень «Рубэк». Он может восходить к немецкому «Rübe» — репа, свёкла. В таком случае Рубэка — это прозвище огородника, торговца корнеплодами или человека с крупной головой (в переносном смысле). В немецких фамилиях суффикс -ек часто уменьшительный, так что буквально это могло означать «маленькая репка» или «сын того, кто с репой».

Другая версия — связь с польским или белорусским «rubać» (рубить, сечь). Тогда Рубэка — это «тот, кто рубит», дровосек или лесоруб, но с добавлением уменьшительного суффикса, что необычно для такого занятия. Однако в польской ономастике есть фамилия Rubek (с ударением на второй слог), и Рубэка могла быть её русифицированной или ополяченной формой.

Исключать нельзя и вариант, что это описка или искажение фамилии Рубенка (от имени Рубен, еврейского по происхождению) или Рубак (русская фамилия от «рубак» — воин, рубящий саблей). Но форма на -эка скорее указывает на западное влияние: в литовском, латышском и эстонском языках такие окончания обычны.

Точных данных о географии фамилии Рубэка в открытых источниках почти нет. Судя по редкости, её носители — это, вероятно, потомки одного рода, жившего в пограничье культур: например, в Курляндской губернии или на территории современной Литвы, где смешивались немецкие, польские и русские традиции именования. В советское время фамилия могла быть записана при паспортизации именно в таком виде, если носитель плохо владел русским языком или чиновник на слух зафиксировал окончание -а как типичное для женского рода, хотя фамилия может быть и мужской, и женской.