Фамилия Рубуов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «рубу-» — не встречается в распространённых славянских именах или прозвищах, поэтому искать корень стоит в диалектной лексике или в иноязычном влиянии.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Руб или Руба, к которому добавили суффикс -уов. Такая модель нетипична для стандартного отчества на -ов (как Иванов или Петров). Суффикс -уов мог возникнуть из-за особенностей местного говора: в некоторых русских диалектах, особенно на севере и в Сибири, фамилии на -уов фиксировали как вариант произношения (например, Рубов → Рубуов). Либо это результат адаптации фамилии из другого языка, где основа оканчивалась на -у.

Само прозвище Руб или Руба могло относиться к человеку, который рубил — лес, дрова или строил. В старину «руб» означало и грубую одежду, и зарубку на дереве, и даже монету (рубль). Однако маловероятно, что фамилия произошла от слова «рубль»: для этого скорее использовали бы форму Рублёв. Более реалистичная версия — прозвище по занятию: лесоруб, плотник или даже палач (в древности «руб» могли называть того, кто отрубал головы).

Встречается фамилия Рубуов крайне редко, в основном в документах переселенцев XIX века из центральных губерний России в Сибирь. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии были крестьянами или ремесленниками, которых записывали по прозвищу, а не по отчеству. Таким образом, Рубуов — фамилия-прозвище, связанная с физическим трудом и, возможно, с лесным промыслом.