Фамилия Рубякина образована от мужской формы Рубякин, которая, в свою очередь, восходит к прозвищу или нецерковному имени Рубяка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Рубяки» или «потомок Рубяки». Это типичная модель для фамилий центральных и северных регионов России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Корень «руб-» многозначен, и это даёт две основные версии происхождения. Первая и самая прямая — прозвище Рубяка дали человеку, чья работа была связана с рубкой: лесоруб, плотник, мясник или даже палач. В говорах слово «рубяка» могло означать «драчун», «забияка», «человек, который рубит с плеча» — как в прямом, так и в переносном смысле. Вторая, менее очевидная, версия связывает прозвище с диалектным «рубь» (старинная денежная единица) или «рубить» в значении «чеканить монету». Тогда Рубяка — человек, имеющий дело с деньгами: казначей, сборщик податей или меняла. Эта гипотеза слабее, так как прозвища от денежных терминов обычно образовывались иначе (например, Рублёв), но полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия Рубякин тяготеет к северо-востоку европейской части России. В переписях XIX века она встречается в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. В Вятке, где лесное дело было основой хозяйства, прозвище Рубяка звучало бы особенно естественно. Примечательно, что у фамилии есть редкий вариант написания с «о» — Робякин, который мог возникнуть из-за акающего произношения в некоторых говорах.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить значение. Рубанов, Рубахин, Рубцов — все они от разных сторон одного корня. Рубякин стоит особняком: если «Рубанов» — от «рубан» (инструмент или грубый человек), то «Рубякин» — от активного действия, от глагольной основы. Это подчёркивает, что предок носителя фамилии был не просто связан с рубкой, а, скорее всего, занимался ею профессионально и постоянно.