Фамилия Рудоенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая встречается и у русских, и у белорусов, но исторически сложилась в южнорусских землях. Суффикс -енко в XVI–XVII веках означал «маленький» или «сын» и прикреплялся к основе-прозвищу или имени отца. Таким образом, Рудоенко — это «сын Рудого» или «потомок человека по прозвищу Рудой».

Основа «руд-» в восточнославянских говорах имеет два основных значения. Первое и самое распространённое — «рыжий», «красный», «русый» (от древнерусского «рудой» — рыжий). Второе — «руда» как «кровь» или «грязь» (в диалектах «рудой» могли назвать человека с нечистой кожей или того, кто пачкается в руде — болотной железной руде). Однако в подавляющем большинстве случаев Рудой — это прозвище за цвет волос: рыжего человека, который выделялся среди темноволосого окружения.

Интересно, что фамилия Рудоенко встречается гораздо реже, чем более привычные Руденко или Рудой. Это говорит о том, что перед нами не массовая, а локальная форма, возможно, закрепившаяся в конкретной семье или волости. Ближайшие аналоги — Черноенко, Белоенко — тоже редки и указывают на то, что суффикс -енко здесь присоединился к полной форме прилагательного (Рудой → Рудоенко), а не к усечённой основе (Руд- → Руденко). Такая словообразовательная особенность может свидетельствовать о том, что фамилия возникла не в центральных украинских землях, а на периферии — например, на Слобожанщине или в южнорусских губерниях, где смешивались диалекты.

О социальном статусе первых носителей можно судить по самой модели: фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были типичны для казацкой старшины и крестьянства, но не для дворянства. Рудоенко, скорее всего, был запорожским казаком или вольным хлебопашцем, которого прозвали Рудым за рыжий чуб, а его дети и внуки уже носили закрепившуюся фамилию. В метрических книгах XIX века такую фамилию можно встретить в Полтавской, Харьковской или Екатеринославской губерниях — там, где украинский антропонимикон был особенно разнообразен.