Фамилия Рудонайтис — редкий для России случай литовской фамилии, которую адаптировали к русской письменности, но не русифицировали до конца. Она образована по типичной литовской модели: к основе Рудон- добавлен суффикс -айтис, который в литовском языке указывает на происхождение — буквально «сын такого-то». То есть Рудонайтис — это «сын Рудонаса» или «потомок Рудонаса». Сама основа Рудон- восходит к литовскому rudas («рыжий, бурый, красноватый») или rūdas («гнедой» — о масти лошади). В прямом смысле прозвище Рудонас могли дать рыжеволосому человеку или тому, у кого была рыжая борода.

Географически фамилия почти наверняка происходит из Литвы или из исторических районов с литовским населением (Виленщина, Ковенская губерния, Сувалкская губерния). В Российской империи XIX века литовские фамилии на -айтис при переписях часто русифицировали, заменяя окончание на -ов или -ин. То, что Рудонайтис сохранил литовский суффикс, говорит о поздней записи фамилии (конец XIX — начало XX века) или о том, что носитель жил в местности, где не требовали обязательного перевода фамилий на русский лад.

Любопытно, что в самой Литве фамилия Rūdonaitis не входит в число распространённых — словарь литовских фамилий (Lietuvių pavardžių žodynas) фиксирует её как редкую, с концентрацией в северных уездах (Шяуляйский, Паневежский). В России Рудонайтис встречается единично, в основном в сибирских регионах — это следы ссылок и депортаций литовцев после восстаний 1830–1831 и 1863–1864 годов. Так что для русского носителя эта фамилия — маркер не только литовского происхождения, но и, вероятно, непростой семейной истории, связанной с высылкой в Сибирь.