Фамилия Руфорный — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, что сразу вызывает интерес. Скорее всего, перед нами искусственная, семинарская фамилия, то есть та, которую давали в духовных училищах и семинариях. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -ск-/-цк- (в форме -ный) — один из главных маркеров таких фамилий, указывающий на принадлежность к чему-то. В русской народной среде фамилии на -ный встречаются, но крайне редко и обычно имеют другую природу, а вот в среде духовенства это был стандартный способ облагородить будущего священника.

Основа «Руфор-» почти наверняка восходит к латинскому или греческому слову. Самое прямое предположение — латинское rufus («рыжий», «красноватый»). В семинарских списках часто переводили русские прозвища на латынь или греческий, чтобы фамилия звучала «учёнее». Таким образом, Руфорный — это латинизированный вариант прозвища Рыжий или Рыжов. Парень с рыжими волосами, попав в бурсу, мог стать Руфорным. Менее вероятна, но возможна связь с греческим ῥούφος (rúphos) — «грязь, сор», но это дало бы скорее негативный оттенок, который вряд ли бы выбрали для будущего священника.

Географически фамилия могла закрепиться в центральных и южных губерниях Российской империи, где были сильны духовные школы (Киев, Чернигов, Рязань). В крестьянской или купеческой среде она практически не встречается. Носители фамилии Руфорный, скорее всего, потомки либо самого священника, получившего такую фамилию при выпуске, либо его детей, которые уже носили её как наследственную. Других версий — от тюркских корней или от названия местности — нет, потому что слово «руфор» не фиксируется ни в одном из известных диалектных или топонимических словарей.