Фамилия Ругианэ — редкий случай, когда происхождение почти наверняка лежит не в русской, а в кавказской ономастике, скорее всего, в грузинской или мегрельской среде. На это указывает конечное -э, характерное для грузинских фамилий (например, Джугашвили, но с усечением — встречаются формы вроде Гулиа, Чантурия, где конечная гласная — показатель номинатива). В грузинском языке фамилии на -иа, -уа, -э часто указывают на принадлежность к роду или местности, а суффикс -ан(э) может быть вариантом патронимического форманта.

Основа «Руги-» не имеет прямых параллелей в славянских языках. Если отбросить версию о случайном заимствовании из латыни (Rugi — древнегерманское племя ругиев, что маловероятно для русской фамилии), то логичнее всего искать корень в картвельских языках. В мегрельском, например, «руга» (რუგა) означает «рог», «угол» или «выступ». Прозвище Ругиа мог получить человек с характерной внешностью (острые черты лица, выдающийся нос) или живший на краю села, на мысу. Также возможно, что это топонимическая фамилия — от названия села или урочища, содержащего корень «руг».

Модель образования типична для западной Грузии: основа + суффикс -ан + окончание -э. Фамилии с таким суффиксом (например, Чикованэ, Кириа) фиксируются в Мегрелии и Гурии. В русском написании фамилия, скорее всего, сохранила исходную грузинскую форму без русификации — то есть без добавления типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это говорит о том, что носители фамилии либо переселились в Россию относительно поздно, либо долго сохраняли национальную идентичность в среде, где фамилии не переделывали на русский лад.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В базах данных и телефонных справочниках Ругианэ единичны, что подтверждает её локальный характер. Если искать предков, то географический вектор — однозначно Закавказье, с большой вероятностью Зугдидский или Чхороцкуский районы Грузии. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и мелкими дворянами (азнаурами), но без дополнительных генеалогических изысканий сказать точнее нельзя.