Фамилия Ругянэ — редкий случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из языков Кавказа или Закавказья, где конечное -э встречается часто и обычно указывает на принадлежность к определённому роду или местности.

Если разобрать основу «Ругян», то наиболее вероятна связь с топонимом или этнонимом. На Кавказе есть несколько схожих названий: например, село Ругия в Дагестане или река Ругия. В таком случае фамилия Ругянэ могла означать «из Ругии» или «относящийся к Ругии». Суффикс -э в некоторых языках, например в армянском или грузинском, передаёт значение выходца из определённого места. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть уроженцем местности с похожим названием.

Другая, менее вероятная версия — связь с именем или прозвищем. В тюркских языках есть слово «ругия», означающее «мечта» или «желание», но такое значение для фамилии малохарактерно. Скорее всего, основа всё-таки географическая. В любом случае, фамилия Ругянэ — не русская по происхождению и попала в русский обиход, вероятно, в XX веке, вместе с миграцией людей из горных регионов.

Поскольку фамилия крайне редкая, данных о её сословной принадлежности или распространении по губерниям нет. Можно лишь предположить, что её носители — потомки выходцев из одного из кавказских селений, где фамилия могла быть образована по местной модели. Это не типичная русская фамилия, а скорее память о конкретном географическом корне, которую сохранили при переезде в другую языковую среду.