Фамилия Рупотко — пример того, как прозвище, данное за манеру речи, закрепилось в виде фамилии. Основа — древнерусское слово «рупот», означавшее «ропот, ворчание, негромкое выражение недовольства». Человек по прозвищу Рупот или Рупотко — тот, кто имел привычку ворчать, бормотать себе под нос, выражать неудовольствие. В говорах «рупот» также могло означать «шум, гам, громкий разговор», так что прозвище могло относиться и к человеку говорливому, шумному.

Суффикс -ко типичен для украинской и белорусской ономастики: он образует уменьшительные или фамильные формы (ср. Шевченко, Ковалько). Рупотко — характерная фамилия для западнорусских земель, особенно для современной Беларуси и прилегающих областей Украины. По данным переписей XIX века, фамилия встречалась в Минской, Гродненской и Волынской губерниях, что подтверждает её западнославянский ареал.

Слово «рупот» родственно глаголу «роптать», который восходит к общеславянскому *rъpъtati. В древнерусских памятниках «ропот» фиксируется с XI века в значении «недовольство, жалоба». Таким образом, прозвище Рупотко могло возникнуть в крестьянской или ремесленной среде, где внешние черты или особенности поведения становились основой для фамильного прозвища.

Однокоренные фамилии — Рупо́тов, Рупо́ткин, Рупот. Рупотко отличается от них именно суффиксом -ко, который указывает на принадлежность к белорусской или малорусской традиции именования. В русских говорах северных областей такого суффикса почти нет, что сужает географию фамилии.

Версия о связи с немецким «Rupp» (грубый) или еврейским «Rup» маловероятна: фамилия прозрачно этимологизируется на славянской почве без заимствований. Споров среди ономастов нет — большинство исследователей (в том числе Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят подобные образования к категории прозвищных от глаголов и существительных, описывающих речь и звуки.