Фамилия Рутус — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В основе лежит латинское слово rūta («рута», растение, известное как горькая трава или лекарственное средство). В западноевропейской традиции, особенно среди немецкоязычного населения, прозвище Rute или Rut(h) могло указывать либо на горький, резкий характер человека, либо на его занятие — сбор или продажу лекарственных трав. Фамилия Рутус — это, скорее всего, полонизированная или онемеченная форма, перешедшая в русскую среду через Речь Посполитую или Прибалтику. Суффикс -ус здесь не типичен для русского языка, он характерен для латинизированных фамилий (сравните: Янус, Фаустус) или для искусственных книжных форм, которые могли давать в семинариях.

Версия о происхождении от латинского rūta — основная и самая правдоподобная. Альтернативное объяснение, которое можно встретить в любительских словарях, — связь с древнерусским словом «руть» (руда, красный цвет) или с глаголом «рутить» (кричать, шуметь) — слабо подкреплено лингвистически, так как суффикс -ус в этих случаях необъясним. Скорее всего, Рутус — это фамилия-прозвище, которая закрепилась за выходцем из западных регионов (Белоруссия, Украина, Польша) или за человеком, получившим образование в духовной семинарии, где было принято латинизировать фамилии. Семинаристы часто переводили свои прозвища на латынь: например, Горький мог стать Амарусом, а Рутус — это уже готовая латинская основа.

География фамилии сегодня размыта, но носители Рутус встречаются в России, на Украине и в странах Балтии. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла фиксироваться как Рутусъ, а в польском написании — Rutus. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была мещанской или духовной, так как дворянские фамилии с таким окончанием в русской традиции — редкость. Таким образом, фамилия Рутус — это не про «руту» как дорогу, а про горькую траву, которая дала прозвище человеку с непростым нравом или травнику.