Фамилия Руйго — редкий случай в русской ономастике, который сразу выбивается из привычного ряда. В ней нет типичных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -го наводит на мысль о южном, возможно, украинском или белорусском происхождении. В этих языках фамилии на -го не редкость (например, Грыцько, Павлюго), и образованы они от личных имён или прозвищ с помощью уменьшительно-ласкательного или пренебрежительного суффикса.

Основа «Руй» почти наверняка восходит к глаголу «руить» — старинному слову, означавшему «разрушать», «крушить», а в диалектах — «шуметь», «бушевать». В говорах Псковской и Смоленской областей «руй» — это шум, гам, суматоха, а «руйный» — буйный, неспокойный человек. Таким образом, прозвище Руй (или Руйго) мог получить либо тот, кто славился громким голосом и неуёмным нравом, либо, напротив, разрушитель — человек, который «руил» хозяйство или порядок.

Встречается и альтернативная версия, связывающая фамилию с балтийскими корнями. В литовском языке есть слово «rujoti» — «гнать», «преследовать», а в латышском «ruja» — «стая», «ватага». Учитывая, что фамилия бытует преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи (современные Беларусь, Литва, запад Украины), такое объяснение не лишено оснований. Прозвище Руйго могло означать «загонщик» или «вожак ватаги».

С точки зрения словообразования, фамилия Руйго — типичный пример прозвища, застывшего в форме обращения. Если предка звали просто Руй (по шумному характеру или занятию), то в быту к нему могли обращаться «Руйго» — с тем же суффиксом, что и в украинском «батько» или «дядько». Со временем эта форма стала наследственной фамилией. Социальный состав носителей, судя по архивным записям XIX века, — преимущественно крестьяне и мещане западных губерний, что подтверждает народное, а не дворянское происхождение.

Таким образом, Руйго — фамилия-прозвище, скорее всего, южнорусского или балтийского происхождения, связанная с образом шумного, деятельного или даже буйного человека. Это не переделанное имя и не географическое название, а живое слово, которым в деревне метко награждали за характер.