Фамилия Рытухин — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд она напоминает фамилии на -ихин (типа Рыжихин, Голыхин), но на деле перед нами другой случай: здесь работает суффикс -ухин, который в русской антропонимии встречается гораздо реже, чем привычные -ов или -ин.

Суффикс -ух(а) в русских говорах был продуктивным при образовании прозвищ и личных имён. Он придавал слову оттенок фамильярности, уменьшительности или просто указывал на носителя признака. Например, от имени Родион — Родюха, от глагола рыть — Рытуха. Так что основа фамилии — прозвище Рытуха. Самая прямая и правдоподобная версия: Рытухой могли назвать человека, который много копал, рыл землю — землекопа, крестьянина, занятого на тяжёлых земляных работах, или просто обладателя привычки постоянно что-то раскапывать, возиться с землёй. Глагол «рыть» в северных и центральных говорах мог давать и производные вроде «рытун» — тот, кто роется, копается.

Есть и более тонкая, но менее вероятная версия, связанная с диалектным словом «рытый» (в значении «покрытый рябью, шероховатый» или «изрытый оспой»). Прозвище Рытуха могло относиться к человеку со следами оспы на лице — рябому. Однако в русской традиции для таких случаев чаще использовали корень ряб- (Рябой, Рябов), а не рыт-, поэтому версия с земляными работами выглядит предпочтительнее.

По словообразовательной модели фамилия Рытухин укладывается в схему: прозвище на -уха (Рытуха) + притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Рытухи». Это стандартный путь для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -уха был в ходу, но точных архивных привязок к одному уезду нет — она встречается рассеянно, что говорит о её прозвищном, а не топонимическом происхождении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Рытов, Рытиков, Рытьков, — то Рытухин выделяется именно суффиксом, который в XVIII–XIX веках мог восприниматься как более простонародный, «деревенский». В дворянских родословных эта фамилия не зафиксирована, что указывает на крестьянское или посадское происхождение носителей. Таким образом, предок Рытухиных — скорее всего, человек, чья жизнь была связана с землёй: либо пахарь, либо тот, кто копал канавы, рвы или погреба.