Фамилия Рюкаев ставит перед исследователем редкую задачу: её основа неочевидна, а суффикс указывает на нерусское происхождение. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или профессий, Рюкаев почти наверняка возник в тюркоязычной среде, скорее всего, у татар или башкир.

Ключ к фамилии — в суффиксе -каев. Он характерен для тюркских фамилий, образованных от имён, прозвищ или географических названий. Основа «Рюк» может восходить к татарскому слову «рәүкә» (рёв, крик) или к арабскому «рукъя» (заклинание, заговор). В первом случае прозвище Рюкай могли дать крикливому, шумному человеку. Во втором — знахарю или человеку, связанному с народной медициной. Есть и версия, что это искажённое имя Рюкяй, которое могло быть вариантом тюркского имени, означающего «светлый» или «чистый».

В русском языке фамилия закрепилась через форму притяжательного прилагательного: Рюкай → Рюкаев, то есть «сын Рюкая». Переход тюркских фамилий в русскую грамматику с помощью суффикса -ев — обычное дело для Поволжья и Приуралья. Географически фамилия Рюкаев встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — именно там, где веками жили тюркские народы.

Таким образом, предки Рюкаевых были, скорее всего, татарами или башкирами, а сама фамилия сохранила память либо о громком голосе своего первого носителя, либо о его занятиях врачеванием. В русских документах она появилась не раньше XVII–XVIII веков, когда начался массовый учёт нерусского населения.