Фамилия Рюкшиев — редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с татарским или башкирским. В основе лежит личное имя Рюкши (или Рюкша). Это имя, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «рүкшә» или «рөкшә» — так в некоторых диалектах называли вид крупы, чаще всего дроблёную пшеницу или полбу. Прозвище Рюкша могли дать человеку за цвет волос (светлый, «пшеничный»), за характер (рассыпчатый, лёгкий) или по роду занятий — например, торговцу зерном или мельнику.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Форма Рюкшиев — это притяжательное прилагательное, означающее «сын Рюкши». Если бы фамилия оформлялась по татарской традиции, она звучала бы как Рюкшин (с суффиксом -ин), но в русской среде окончание -ев закрепилось как более типичное для фамилий на твёрдый согласный.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Среди носителей преобладают потомки крещёных татар (кряшенов) или мишарей, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по имени отца. Социальный состав предков — в основном государственные крестьяне, реже — мещане.

Встречается вариант написания Рюкшов — он возникает при адаптации через акающее произношение. Но исходная форма Рюкшиев точнее передаёт структуру: имя Рюкша плюс суффикс -ий, давший в фамилии -иев. Это не ошибка, а следствие того, что основа оканчивалась на -я, и при образовании фамилии появился интерфикс -и-.

Других версий, например связи с географическим названием или устаревшим русским словом, нет — корень явно тюркский. Фамилия недвусмысленно указывает на прозвище, связанное с едой или ремеслом, и несёт в себе память о быте и хозяйстве предков.