Фамилия Сабастьян — редкий пример прямого заимствования личного имени в качестве фамильной основы, причём почти без русской суффиксальной обработки. В ней нет привычных -ов, -ин или -ский, что сразу выдаёт нерусское, скорее всего, западное или южнославянское происхождение. В русской традиции такие «голые» фамилии встречаются в основном у духовенства (при образовании от латинских имён) или у переселенцев.

Основа — мужское имя Сабастьян, вариант канонического Севастиан (от лат. Sebastianus — «севастийский», то есть родом из города Севастия в Малой Азии). В западноевропейских языках имя дало формы Sebastian, Sebastien, а в польском и украинском — Sebastian, Себастьян. Форма Сабастьян с «а» в первом слоге — результат народной адаптации: безударное «е» перешло в «а», что характерно для акающих говоров юга России и Украины. Встречается и написание Себастьян, но Сабастьян — более просторечный, «обрусевший» вариант.

Модель образования проста: фамилия возникла как отчество в третьем поколении, то есть сына человека по имени Сабастьян стали звать Сабастьянов, но затем, в силу каких-то местных причин (возможно, польского или украинского влияния), суффикс отпал, и фамилия застыла в форме чистого имени. В польской ономастике такие бессуффиксные фамилии на -ан, -ян (Сабастьян, Себастьян) вполне обычны — их носили крестьяне и мещане.

Сословно фамилия не привязана к дворянству: в России она почти не встречается в родословных книгах. Носители — скорее потомки крестьян или мещан западных губерний (Волынская, Подольская, Гродненская), где имя Себастьян было популярно у католиков и униатов. В православной среде имя давали реже, так как святой Севастиан почитается, но форма Себастьян — латинская, что указывает на возможное католическое прошлое семьи.

В современной России фамилия остаётся крайне редкой. Если встретите Сабастьяна, можно с высокой вероятностью предположить, что его предки — выходцы из Западной Украины, Беларуси или Польши, переселившиеся в центральные регионы в XIX–XX веках. Фамилия не меняла своего звучания — это тот случай, когда имя стало фамилией, минуя стадию отчества.