Фамилия Сачалин — редкий случай, когда географическое название почти наверняка лежит в основе, но вопрос в том, какое именно. Сразу заметна нехарактерная для русских фамилий финно-угорская или тюркская основа «Сачал-», которая в славянской среде была переоформлена типичным русским суффиксом -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Сачалин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Сачала.

Самая прямая версия — связь с рекой Сачалиха в Ивановской области (приток Уводи). Фамилии, образованные от названий рек, часто давались переселенцам: человек, ушедший с берегов Сачалихи в другую местность, получал прозвище Сачала, а его дети становились Сачалиными. В этом случае основа — гидроним, который, вероятно, имеет балтийское или финское происхождение (ср. лит. šakalas — «сокол» или фин. saha — «лесопилка»). Менее вероятно, но допустимо, что Сачала — это прозвище от глагола «сачать» (старославянское — «начинать», «зачинать»). Тогда фамилия могла означать «первенец» или «зачинщик», но эта версия слабее, так как глагол почти вышел из живого употребления к XVI–XVII векам, когда фамилии массово закреплялись.

В говорах Владимирской и Костромской губерний (как раз район реки Сачалихи) слово «сачала» могло означать «болотистое место» или «топь» — это тоже укладывается в гидронимическую версию, так как река Сачалиха протекает по заболоченной низине. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть жителем болотистой местности или выходцем с конкретной реки.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных списках она встречается единично, в основном в центральных губерниях России. Никакого отношения к острову Сахалин она не имеет — это случайное фонетическое совпадение, возникшее из-за позднего переосмысления. Написание через «а» во втором слоге (Сачалин, а не Сачелин) подтверждает, что ударение, скорее всего, падало на первый слог: Сáчала — Сáчалин. Вариант с ударением на последний слог (Сачалúн) мог появиться под влиянием фамилий на -ин от основ с ударным окончанием, но исторически верным считается ударение на первый слог.