Фамилия Саитгафаров — яркий пример того, как русский суффикс -ов прирастает к арабскому имени, создавая фамилию, типичную для татарской и башкирской среды. Её основа — составное мужское имя Саитгафар (варианты: Саитгафар, Саит-Гафар, Сәетгафар). Оно, в свою очередь, складывается из двух арабских корней: «Саит» (с араб. — «господин», «предводитель», «счастливый») и «Гафар» (от «аль-Гафур» — одно из имён Аллаха, «Всепрощающий»). Имя Саитгафар буквально означает «счастливый, прощённый» или «господин, которому даровано прощение». В исламской традиции такие двусоставные имена с компонентом «Гафар» подчёркивали религиозность семьи и надежду на милость Всевышнего.

Модель образования фамилии стандартна для тюркских народов Поволжья и Приуралья: к полной форме имени добавили русский патронимический суффикс -ов, который в XVIII–XIX веках стал обязательным для оформления фамилий у крещёных и мусульманских народов Российской империи. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Саитгафара». Написание через «и» (Саит-, а не Сайт-) — не ошибка, а точная передача арабского звучания через татарскую или башкирскую фонетику, где дифтонг «ай» часто редуцируется в «аи».

Географически фамилия Саитгафаров почти наверняка уходит корнями в южный Урал или Закамье — территории современного Башкортостана, Татарстана, Оренбургской области. В этих краях оседлые татары и башкиры веками носили подобные арабо-персидские имена, а фамилии на -ов начали фиксировать при переписях и ревизиях. В отличие от русских крестьянских фамилий, которые часто образовывались от прозвищ или профессий, здесь мы видим прямой перенос полного имени отца без усечения — это характерно для поздней (XIX век) волны фамилий у мусульман, когда имя уже не переосмысливалось, а просто записывалось как есть.

Стоит отметить, что фамилия Саитгафаров встречается реже, чем, скажем, Саитов или Гафаров, — именно из-за своей громоздкости и двусоставности. Это говорит о том, что предок носителя был назван полным именем, а не сокращением, что могло быть связано с уважением к религиозному смыслу или с принадлежностью к семье муллы или уважаемого старца. Спорных версий у этой фамилии почти нет: корни прозрачны, а альтернативное объяснение через тюркское «саит» в значении «покупатель» или «торговец» маловероятно, так как в татарском и башкирском для этого используется другое слово («сәүдәгәр»).