Фамилия Саитхужин — редкий случай на стыке тюркского и арабского миров. Её основа — составное мусульманское имя Саитхужа (варианты: Саитходжа, Саиткужа). Первая часть, Саит, восходит к арабскому «саййид» — господин, повелитель, почётный титул потомков пророка Мухаммеда. Вторая часть, Хужа, — тюркская переработка персидского «ходжа» (хозяин, наставник, духовное лицо). Таким образом, имя Саитхужа буквально означает «господин-ходжа» или «почтенный наставник».

Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Саитхужин, то есть сын, потомок или человек из рода Саитхужи. Такая модель типична для фамилий, образованных от имён на -а, -я (сравните: Ильин, Кузьмин), и закрепилась в русской среде у крещёных татар, башкир и других народов Поволжья. В мусульманской среде фамилии с таким суффиксом часто фиксировались при переписях или переходе в православие.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области. Предки носителя фамилии могли быть муллами, учителями при медресе или просто уважаемыми людьми в общине — носителями двойного почётного титула. Встречаются варианты написания Саитхузин, Саитходжин, а также однокоренные фамилии Саитов, Хужин, Ходжин.

Спорных версий здесь почти нет: прозрачная этимология и устойчивая словообразовательная модель оставляют мало места для альтернатив. Единственный нюанс — не путать с фамилией Саиткужин, где вторая часть восходит к тюркскому «кужа» (зяблик, птичка), что меняет смысл на прозвищный. Саитхужин же — фамилия с ясным религиозно-сословным оттенком.