Фамилия Саитмагрупов — редкий пример сложения двух восточных имён в одной основе. Её ядро — арабское имя Саит (от «саид» — господин, предводитель) и имя Магруп (арабское «магруб» — западный, тот, кто с запада). Соединение двух имён в одну фамилию — характерная черта тюркской, особенно татарской и башкирской, ономастики, где часто сливали имена отца и деда или два значимых понятия в одно прозвище. Суффикс -ов, самый распространённый в русской фамильной модели, указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде (в паспортных столах, при переписях), а не бытовала в исконной арабо-тюркской форме без окончания.

Первая часть, Саит, в исламской традиции восходит к почётному титулу «сайид» — потомок пророка Мухаммеда. Однако в просторечии это слово быстро превратилось в личное имя, не обязательно указывающее на реальное происхождение: Саитами называли детей в честь уважаемого предка или просто как благопожелательное имя. Вторая часть, Магруп, встречается реже. В арабском корне «г-р-б» заложено значение «запад» и «закат», поэтому имя могло означать «западный», «пришедший с запада», а в переносном смысле — «чужеземец» или «путник». В тюркской среде это имя иногда давали ребёнку, родившемуся на закате, или тому, чей отец долго отсутствовал, вернувшись из дальних краёв.

Географически фамилия Саитмагрупов почти наверняка привязана к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану или Оренбуржью. Именно там в XIX — начале XX века у татар и башкир активно записывали составные имена в качестве фамилий, причём нередко соединяли два имени в одно слово, чтобы уложиться в русскую трёхчленную формулу (имя, отчество, фамилия). Если бы фамилия сохранила исконный порядок, она могла бы выглядеть как «Саит-Магрупов» или даже «Магрупов-Саитов», но закрепился именно вариант без дефиса, с первым компонентом Саит.

Словообразовательный приём — сращение двух имён — встречается у нескольких тюркских фамилий (например, Бахтияров, Хасаншин), но Саитмагрупов стоит особняком из-за редкости второго компонента. Магруп почти не встречается как самостоятельное имя в современных справочниках, что делает фамилию ценной для локальной истории: она могла принадлежать роду, где деда звали Саит, а отца — Магруп, или наоборот, и при записи их имена просто склеили. Других версий, объясняющих происхождение, нет — гипотеза о связи с арабским «магриб» (закат) или с тюркским «магруп» (смирённый) не подтверждается письменными источниками, так что первая, бинарная, остаётся основной.