Фамилия Сакпаева — достаточно редкая, и её разбор требует обращения к языкам народов, населявших южную Сибирь и прилегающие регионы. В основе, скорее всего, лежит тюркское или монгольское слово «сакпа» (или «сахпа»), которое в разных диалектах может означать «осторожный», «бдительный», «сторожевой». В некоторых тюркских языках «сак» — это «берегись», «внимание», а «сакпа» — производная форма. Таким образом, прозвище Сакпай могли дать человеку осмотрительному, предусмотрительному, либо тому, кто нёс сторожевую службу.

Вторая, менее вероятная версия, отсылает к гидрониму. В Горном Алтае и Туве есть реки с похожими названиями (например, Сакпа), и фамилия могла возникнуть от названия местности, где жил первопредок. Однако прозвищное происхождение выглядит более типичным для фамилий такого типа.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель оформления: «чей?» — Сакпаев, то есть сын или потомок Сакпая. Форма Сакпаева — это женский вариант или исходная форма в родительном падеже. Сама основа «Сакпай» — это личное имя или прозвище, распространённое у алтайцев, хакасов, тувинцев. Встречаются однокоренные фамилии: Сакпаев, Сакпаков, Сахпаев.

Географически фамилия тяготеет к Республике Алтай, Хакасии и Красноярскому краю. В дореволюционных записях она почти не встречается, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XIX–XX веках, при переходе от родоплеменных имён к официальным фамилиям. Сословно предки были скорее всего скотоводами или охотниками, а само прозвище могло подчёркивать их роль в общине как людей, предупреждающих об опасности.