Фамилия Саксунова — женская форма, а её мужской вариант, Саксунов, образован по типичной русской модели с суффиксом -ов. Это означает, что в основе лежит прозвище или имя Саксун. Сама же основа — Саксун — звучит нехарактерно для славянского именослова, и здесь мы сталкиваемся с редким случаем, где тюркское происхождение почти не вызывает споров.

Корень «сак» в тюркских языках многозначен: это и «осторожный, бдительный», и «берегущий», а в некоторых диалектах — «скуповатый». Суффикс -сун (-сын) в тюркской антропонимии часто образует имена-пожелания: например, имя Кутлусун (буквально «будь счастливым») или Худайсун («будь богом данный»). Соответственно, Саксун можно перевести как «будь осторожным» или «будь бережливым». Такие имена давали не в честь кого-то, а как своего рода оберег или наставление на жизнь.

В русских документах XVI–XVII веков встречаются служилые татары и выходцы из Казанского ханства, чьи имена и прозвища оканчивались на -сун: Байсун, Тойсун. Фамилия Саксунов, скорее всего, закрепилась именно в этой среде. Прямых параллелей среди русских крестьянских фамилий нет — это не «ремесленная» фамилия вроде Кузнецова и не «географическая» вроде Озерова. Её носители, вероятно, были либо служилыми людьми «по прибору» (казаки, стрельцы), либо выходцами из татарской знати, перешедшими на русскую службу и получившими поместья.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается в центральных губерниях. Основной ареал — Оренбуржье, Башкирия и отчасти Самарская область. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от яицких (уральских) казаков, среди которых было много людей с тюркскими корнями. В метрических книгах XIX века Саксуновы записаны как государственные крестьяне и казаки — то есть сословие было невысоким, но свободным.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов. Двойное «с» на стыке корня и суффикса — «Сакс-с-унов» — сохранилось, потому что в основе не было беглой гласной. Если бы исходное имя звучало как Сакос, мы бы получили Сакосов, но здесь — именно Саксун.