Фамилия Салхенов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, суффикс и география бытования заставляют искать ответ не в славянских, а в тюркских и кавказских корнях.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на русскую патронимическую форму — «чей?» — Салхенов, то есть потомок человека по имени или прозвищу Салхен. Но само имя Салхен в русском именослове не встречается. Это не крестильное имя и не древнерусское прозвище. Скорее всего, оно восходит к тюркскому или адыгскому (черкесскому) антропониму.

Самая вероятная версия — основа Салхен происходит от мужского имени Салых (Салих) с добавлением тюркского аффикса принадлежности -ен. В тюркских языках (татарском, башкирском, карачаево-балкарском) имя Салих означает «праведный», «благочестивый», восходит к арабскому صالح. Форма Салхен могла возникнуть как вариант Салыхан («хан Салих») или как местный диалектный вариант. Тогда Салхенов — «сын Салхена», то есть потомка Салиха.

Вторая, более редкая версия связывает фамилию с адыгским (черкесским) словом «салхэн» — «покупать» или «торговец». В таком случае прозвище Салхен мог получить человек, занимавшийся куплей-продажей, возможно, торговец скотом или тканями. Эта версия менее обоснована, так как фамилии от глаголов в адыгской традиции редки, но полностью исключать её нельзя.

Фамилия Салхенов почти не встречается в центральных и северных областях России. Основные носители — в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, а также среди татар и башкир. Встречается и в Казахстане, что подтверждает тюркскую природу основы. Русская фамилия Салхенов — это, по сути, русифицированная форма тюркского или кавказского родового имени, адаптированная при записи в метрики или переписи.