Фамилия Салтаганова — женская форма мужской фамилии Салтаганов. Её основа — прозвище или нецерковное имя Салтаган. В русской ономастике суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: буквально «сын Салтагана» или «из дома Салтагана». Это одна из самых распространённых моделей образования русских фамилий, особенно среди крестьян и мещан после отмены крепостного права.

Корень фамилии — «салтан», вариант тюркского слова «султан». В русских говорах и документах XVI–XVII веков «салтан» употреблялось не только как титул правителя, но и как личное имя или прозвище, которое давали человеку за властный нрав, богатство или просто в насмешку. Словарь древнерусских личных имён фиксирует имя Салтан (например, Салтанко, крестьянин, 1495 год). Уменьшительная форма Салтаган образована с помощью тюркского аффикса -ган, который придаёт значение «обладающий качеством» или «делающий что-либо». То есть Салтаган — это «тот, кто ведёт себя как султан» или «маленький султан».

Фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также Поволжье (татарские и башкирские регионы). Встречается и у донских казаков, что неудивительно: в казачьей среде было много тюркских по происхождению прозвищ, которые потом закреплялись как фамилии. В отличие от дворянских родов, Салтагановы, скорее всего, происходят из однодворцев, казаков или государственных крестьян — сословий, где фамилии часто образовывали от прозвищ, а не от имени отца в крещении.

Написание фамилии устойчивое: через «а» в первом слоге, с суффиксом -ов. Вариант Салтаганова (с двумя «а») — единственно верный для русского уха; ошибочные формы вроде «Солтаганова» или «Салтагонова» встречаются редко и говорят о диалектном произношении.