Фамилия Самоаев — одна из тех, где происхождение не лежит на поверхности, но при разборе по составу всё встаёт на свои места. Основа здесь — Самоа, и ключевой вопрос: что это за имя или прозвище? Скорее всего, перед нами вариант имени Самуил, которое в народной речи могло сокращаться и видоизменяться до форм вроде Самоха, Самоша или Самоа. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Самоаев, то есть сын Самоа. Такое окончание характерно для фамилий, образованных от основ на -а или -я.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «самой» или «самоя» означало «самый», «особенный», и прозвище Самоя могли дать человеку с яркой индивидуальностью или, наоборот, с претензией на исключительность. Но в таком случае мы бы ожидали форму Самоев или Самойев, а не Самоаев. Первая версия — от имени — выглядит убедительнее, особенно если учесть, что фамилии на -аев нередко фиксировались в южнорусских и украинских регионах, где аканье и замена звуков в личных именах были обычным делом.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не встречается. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или локально распространённым. По сословной принадлежности предки Самоаевых скорее всего были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются. В написании возможна путаница с фамилией Самаев, но у той другое происхождение: от имени Самай (тюркское или диалектное русское), так что путать их не стоит.