Фамилия Самоищенко — характерный пример украинского антропонимикона, который сложно расшифровать с ходу, не зная особенностей местного словообразования. На первый взгляд она кажется производной от библейского имени Самуил (в просторечии — Само́йло). Однако суффикс -ищ- указывает на другой, более редкий механизм образования.

В украинской ономастике суффикс -ищ- часто выполняет увеличительную или пренебрежительную функцию, но в фамилиях он нередко превращал основу в прозвище. Самоищенко — это не прямой патроним от Само́йло (от него пошли бы Само́йленко или Само́йлович). Скорее всего, в основе лежит прозвище Самои́ща (или Самои́ще) — «большой, видный Само́йло» или, напротив, «неуклюжий, несуразный человек, которого так дразнили». Фамилия означает «сын (или потомок) человека по прозвищу Самоища».

Такие формы с суффиксом -ищ- встречаются в основном на Левобережной Украине и в южных регионах России, куда в XVIII–XIX веках переселялись запорожские казаки. Географически фамилия Самоищенко тяготеет к бывшим землям Войска Запорожского — современным Сумской, Полтавской, Харьковской областям и прилегающим районам Курской и Белгородской областей.

Вторую, менее вероятную версию связывают с диалектным глаголом «самои́ть» — делать что-то самостоятельно, без чужой помощи. В этом случае Самои́ща — прозвище человека, который всё делал сам, независимого хозяина. Но эта гипотеза слабее, так как глагол крайне редок и не зафиксирован в основных словарях украинского языка.

Фамилия недвусмысленно указывает на украинское происхождение носителя. Её носители, скорее всего, были казаками или крестьянами, получившими фамилию в XVIII — начале XIX века при подворных переписях. Сословный состав в те времена был преимущественно податным — мещане и казацкая старши́на редко носили фамилии с таким просторечным суффиксом.