Фамилия Самоседенко — редкий пример того, как прозвище превратилось в фамилию через украинскую суффиксальную модель. Основа здесь — «самосед», человек, который «сам сел» или «сам сидит». В украинском и южнорусском говорах это слово имело несколько значений. Самое прямое — отшельник, затворник, человек, живущий сам по себе, без семьи и общины. В крестьянской среде XIX века это мог быть и безземельный крестьянин, который «сам сел» на чужую землю в качестве арендатора, без официального передела. Ещё одна версия — насмешливое прозвище нелюдимого, замкнутого человека, который не ходит в гости и «сидит сам».

Суффикс -енко — типичный для украинских фамилий, означающий «маленький», «сын» или «потомок» (сравните с русским -ов/-ев). То есть Самоседенко — буквально «сын Самоседа». Фамилия образована напрямую от прозвища, а не от крестильного имени, что указывает на её позднее формирование, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда на Левобережной Украине и Слобожанщине активно закреплялись прозвищные фамилии. Географически Самоседенко встречается в основном в Черниговской, Сумской и Полтавской областях — это зона расселения казаков и свободных крестьян, где такие прозвища были особенно ходовыми.

В русском языке фамилия могла подвергнуться вторичной адаптации: в документах XIX века встречаются варианты Самоседов, Самоседский, но форма на -енко осталась основной. Социальный контекст простой: предки носителя фамилии — скорее всего, не дворяне и не духовенство, а казаки или государственные крестьяне, получившие фамилию по характерной черте поведения или образу жизни. Никакой связи с самоедством (как у северных народов) здесь нет — это ложное сближение, которое иногда встречается в любительских толкованиях.