Фамилия Самойникова — женская форма, образованная от мужской Самойников, и в самой своей основе содержит редкую словообразовательную модель. Вместо привычного суффикса -ов или -ин здесь мы видим суффикс -ник- (-ников). Это сразу подсказывает, что перед нами не просто отчество от имени, а прозвище, связанное с родом занятий или характерным признаком.

Корень фамилии — имя Самой (или Самойло), народная форма канонического имени Самуил. Самуил в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом». Однако фамилия Самойников пошла не напрямую от имени, а от прозвища Самойник. В русских говорах «самойником» могли называть человека, который служил при ком-то по имени Самойло (например, работник, батрак, «человек Самойла»). Но есть и другая, более бытовая версия: «самойником» в некоторых регионах называли упрямого, своенравного человека, который всё делает «сам по себе», то есть «сам-ойник» — от слова «сам». Эта версия менее популярна в академической ономастике, но имеет право на существование, так как прозвища часто строились на игре слов.

Географически фамилия Самойников и Самойникова тяготеет к южнорусским и украинским землям, а также к областям, где было распространено имя Самойло (современные Белгородская, Воронежская, Ростовская области). В этих краях суффикс -ник часто использовали для обозначения человека по его принадлежности к хозяину или месту: «половник» (арендатор половины урожая), «дворник» (работник на дворе). Самойников, скорее всего, и был таким «человеком Самойла» — батраком или младшим членом большой семьи.

Интересно, что фамилия Самойников встречается реже, чем однокоренная Самойлов. Это говорит о том, что её носители происходили не из прямых потомков человека с именем Самойло (которые получили бы фамилию Самойлов), а из его окружения, челяди или пришлых людей, приписанных к его двору. Таким образом, Самойникова — это фамилия, которая фиксирует социальное положение предка: он был не главой рода, а тем, кто «ходил при Самойле».