Фамилия Самтунова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа Самтун не встречается в современных словарях личных имён и не является распространённым тюркским или славянским именем. Наиболее вероятно, что в её основе лежит прозвище или вариант адаптации иноязычного слова.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель, то есть фамилия образована от имени или прозвища отца: Самтун → Самтунов → Самтунова. Притяжательное значение «чей?» здесь очевидно: «сын Самтуна». Но что означало само слово Самтун?

Первая версия отсылает к тюркским языкам. В некоторых из них корень «сам» или «сан» связан с понятиями «число», «счёт», «почёт», а «тун» может означать «ночь» или «одежда». Однако более правдоподобно, что Самтун — это фонетическая переработка арабского имени Саматун (или Самад), которое через посредство татарской или башкирской традиции могло быть заимствовано и упрощено. Арабское «Самад» означает «вечный», «не нуждающийся ни в ком», и в тюркской среде оно нередко искажалось до Самтун.

Вторая версия — диалектная. В русских говорах слово «сам» могло употребляться в значении «хозяин», «глава». Суффикс -тун в северных и сибирских говорах иногда придавал слову оттенок прозвища (ср. «говорун», «молчун»). Тогда Самтун — это прозвище самостоятельного, властного человека, «самого себе хозяина». Но эта гипотеза слабее: суффикс -тун нехарактерен для образования прозвищ от местоимений.

Географически фамилия Самтунова встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, среди русских и татар. Это подтверждает версию о тюркском или арабо-тюркском корне: регионы активных контактов славян и тюрков. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или мещанству — в дворянских родословных книгах Самтуновы не отмечены.

Таким образом, фамилия Самтунова, скорее всего, восходит к личному имени Самтун — адаптированному варианту арабского Самад, которое в татарской среде давалось мальчикам как пожелание долгой жизни и независимости. Фамилия фиксирует этот антропоним в русской патронимической форме и несёт память о межэтническом культурном обмене.