Фамилия Санаужинова — редкая и структурно необычная для русского уха. Её основа явно несёт тюркские или кавказские корни, а русский суффикс -ов (-а) указывает на то, что фамилия была русифицирована при адаптации в официальных документах. Мужская форма — Санаужинов.

Разберём основу. Наиболее вероятно, что в её центре лежит имя или прозвище Санауж. Это слово можно разделить на две части: «сан» (в тюркских языках — «число», «счёт», «почёт», «звание») и «ауж» или «уж». Вторая часть — самая загадочная. Она может восходить к арабскому или персидскому «ауза» (замена, обмен) или к местному диалектному слову, обозначающему род занятий. В карачаево-балкарском языке, например, есть слово «санау» — «считать», «пересчитывать», а суффикс «-чы» даёт значение «счётчик», «учётчик». Однако в фамилии окончание «-жин» скорее напоминает кумыкскую или ногайскую модель образования фамилий от имён с аффиксом принадлежности.

Есть и другая, более прозаичная версия: Санаужин — это вариант фамилии Санаузин, которая встречается у татар и башкир. В таком случае основа «санау» может означать «сознание», «разум», а «зын» — суффикс, образующий прилагательное. Получается «разумный», «сознательный». В пользу этой версии говорит наличие фамилии Санаузин в Татарстане и Башкортостане, тогда как форма Санаужинов более характерна для регионов, где сильно влияние кавказских языков (Дагестан, Чечня).

Таким образом, носитель фамилии Санаужинова почти наверняка происходит из среды, где говорили на одном из тюркских языков северо-кавказской или поволжской группы. Предок мог быть либо учётчиком, сборщиком податей (от «санау» — счёт), либо получить прозвище за ум и рассудительность. Фамилия недворянская, крестьянско-казачья или городская, и её редкость говорит о том, что род был локальным, возможно, из одного аула или села.