Фамилия Санекидзе — типичный пример грузинской фамильной модели, и её разговор стоит начать именно с суффикса. В грузинском языке фамилии на -дзе (в русской передаче часто -идзе или -адзе) означают «сын» или «потомок». Это самый распространённый фамильный формант в Западной и Центральной Грузии, особенно в регионах Имеретия, Гурия и Аджария. Санекидзе образована по той же схеме: основа + -дзе, то есть буквально «сын Санеки».

Корень «Санек» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от личного имени. В грузинском языке есть имя Сане (Санэ), которое может быть сокращением от Александра (груз. Александре) или от редкого имени Санеба (означает «рассвет», «утро»). Таким образом, Санекидзе — это отчество в третьем поколении: предка звали Сане (или Санэ), его детей называли «Санекидзе» (потомки Сане), а затем фамилия закрепилась за родом.

Версия о связи с русским именем Саня (от Александр) маловероятна: грузинские фамилии на -дзе почти всегда имеют грузинскую основу, а заимствования из русского в этой модели редки и обычно относятся к более позднему времени. Если бы фамилия была связана с «Саней», её форма скорее была бы Санидзе или Санашвили, но не Санекидзе.

Фамилия Санекидзе не относится к числу самых распространённых в Грузии, но встречается в западных регионах, особенно в Аджарии и Гурии. В России и других постсоветских странах носители появились в результате миграций XX века, но общая численность остаётся небольшой. Сословно фамилия не указывает на дворянское происхождение — формант -дзе одинаково использовали и крестьяне, и князья, так что без дополнительных генеалогических данных о происхождении конкретной ветви судить о статусе предков нельзя.

Примечательная деталь: в грузинских документах фамилия пишется как სანეკიძე, что подтверждает ударение на втором слоге (Сане́кидзе). В русском языке часто встречается ошибочное ударение на первый слог, но этимологически правильный вариант — на «е».